今天分享的是蛋白组学处理软件—DIA-NN，这个软件主要是针对质谱采集方式为DIA的算法，底层使用的是C++，因为对C++不是特别的熟悉，不过多赘述底层的东西，本篇文章就主要讲一下软件优势与使用流程。

文章名称：DiaNN: DIA-NN - a universal automated software suite for DIA proteomics data analysis.

github源码：https://github.com/vdemichev/diann?tab=readme-ov-file.

软件优势：

1、最大的优势就是免费且开源，对于学生党或者科研工作者而言，这是性价比比较高的工具；

2、定性准确，添加q-value对肽段进行鉴定；

3、定量准确，包含一种可检测并消除串联质谱谱图干扰的算法；

4、与其他软件鉴定结果相比，毫不逊色；

5、软件界面简洁，使用友好。

使用流程：

1、需要安装Skyline，Skyline daily（23.1.1.459）版本以上和MSFileReader软件。

注意：Skyline软件安装会存在DIA-NN检测不到的情况，安装以下链接：https://skyline.ms/wiki/home/software/Skyline/daily/page.view?name=install-administrator-64。

2、需要准备原始raw数据，原始数据格式可以是这些格式，Sciex（ .wiff）, Bruker（ .d）, Thermo （.raw）, 其他转换后的格式（.mzML）和 DIA-NN存储的格式（.dia）。

3、点击FASTA，添加一个或者多个序列数据库，UniProt数据库里面下载。

4、图谱库添加，可以自己添加图谱库或者选择FASTA digest for library-free search/library generation。

5、指定结果输出路径，点击Run。

6、保持main output是report.tsv格式，最后的结果包含鉴定的前提离子，以及定性定量结果。结果具体细节可参考官网。

欢迎大家交流使用，如有疑问，请联系管理员：kriswcyYQ。