
静息态功能磁共振成像(rs-fMRI)原理与数据分析学习笔记(9-10):DPARSF Output and Reproducibility
计算机与人工智能-脑科学与类脑智能-磁共振功能成像(functional magnetic resonance imaging, fMRI)
天啊我真的很需要一个字幕!!
视频来自:9_DPARSF_Output_哔哩哔哩_bilibili
pdf:The R-fMRI Course | The R-fMRI Network
目录
1. DPABI输出文件
1.1. mat类文件
(1)
1.2. Img类文件
(1)FunRaw→生成FunImg一系列的(通过后缀分辨)
(2)T1Raw→生成T1Img一系列的(也有一堆有后缀的文件)
1.3. 其他类
(1)RealignParameter:做头动矫正生成的
①里面有被排除的文档记录
②生成的mean.nii为矫正后的脑影像图,wmean.nii为配准到标准空间的影像
③rp开头的文档记录头动参数
(2)ReorientMats:动态调整
①功能像调整.mat
②结构像调整.mat
(3)QC:在做reorient时的QC打分
(4)SymmetricGroupT1MeanTemplate:所有被试平均的T1影像
(5)结果Results和ResultsS。ResultsS就是相比Results做了一个Smooth(ALFF可以平滑,但是ReHo最好不要平滑)
2. 可再现性
2.1. 简介
(1)大脑有4w多个Voxel,因此假设检验要做四万多次(再次提到了多重比较矫正,但是上次已经统计过了,故这里不再赘述)
(2)置换检验(Permutation Test)
可参考:一张图,足够学会Permutation test置换检验 - 知乎 (zhihu.com)
(3)Thresholds卡得过严会导致可重复性变差
(4)神经科学的小样本
小样本节省金钱和时间,并且多重比较的问题不会很严重
2.2. 材料和方法
(1)数据集
①Consortium for Reliability and Reprodudcibility(CORR):会扫两次,第一天扫一次隔几天再扫一次
②1000 Functional Connectomes Project(FCP):只扫一次
③Beijing EOEC1
④Beijing EOEC2
(2)统计流程
(3)Nuisance Regression:去除白质脑脊液信号对灰质信号的影响
(4)R-fMRI指标
(5)多重比较矫正策略
(6)不同阈值下的假阳性值
(7)可信度/可复现性检验
(8)样本量增大的影响
(9)阳性预测值(positive predictive value,PPV)
2.3. 结果
(1)根据自己做出来的东西分析就好了,视频中的PPT我就不截图了
2.4. 讨论
(1)主要发现
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