1、下载

网址：Release mzmine 4.5.37 · mzmine/mzmine · GitHub

有很多种类，Windows有两个选项：一个是.msi安装程序，另一个是.zip便携版。

msi：一键安装（自动配置环境变量，简化安装流程）、稳定性高（官方签名认证，兼容Windows系统，需管理员权限）、便捷维护（可通过控制面板卸载，适合长期使用），适合常规用户、实验室固定设备、需要长期稳定运行的场景。

Zip：即解即用（解压后直接运行，无需管理员权限）、灵活性强（可拷贝至U盘或云盘跨设备使用）、绿色无残留（删除文件夹即完成卸载），适合临时使用、无管理员权限的电脑、需要快速迁移的场景。

但我尝试了下载msi版本，被提示一般不能直接下载（这里可能需要管理员权限？），所以我选择了直接下载zip的版本，也就是：mzmine_Windows_portable_4.5.37.zip。

下载后打开压缩包：

直接点开mzmine即可。

2、使用

 2.1 数据导入

Raw data methods➡import mass data➡支持导入mzML，mzXML，mzData，NetCDF；以及原始数据Thermo RAW，Waters RAW，Agilent CSV。

导入之后可能不会立刻出现导入的数据，会在tasks这个界面有一个导入的过程，可以点开看看

2.2 峰特征提取

Raw data methods→Feature detection→Mass detection

选择all raw data files，这里最好不要包括QC和空白组。Mass detector，有五种方法可供选择，其中Centroid适用于棒状图，其余四种适用于轮廓图。实验中采集的谱图为棒状图，所以在这一步选择Centroid。设置相应的参数（保留时间等），点击OK之后开始运行。 同时这个Scan definition 不要写，空着。 Spectrum type 填ANY。

MS1去噪：设置噪声阈值（如500-1000 intensity），区分基线噪声与真实信号。Raw Data Methods → Mass Detection → Noise Level  所以这个就是1E3。

MS2处理：单独处理MS2级数据，噪声阈值通常低于MS1（如100-200），这个是1E2。

重中之重：retention time一定要比已有时间大，可以点一下旁边那个auto，它会自动计算出真实的时间，最好比这个时间大，不然有的峰统计不进去，每个样品的时间可能会有一些误差。

2.3 色谱图构建（Chromatogram Building）

使用ADAP Chromatogram Builder：Feature Detection → LC-MS → Chromatogram Builder

关键参数：

Min Group Size：色谱峰最小连续扫描数（建议≥5）

Group Intensity Threshold：峰强度阈值（一般是MS1的强度）

m/z Tolerance：质荷比容差（如10ppm）。

2.4 特征解卷积（Feature Resolving）

使用Local Minimum Resolver分离共洗脱峰：
Feature Detection → Resolving → Local Minimum Resolver

勾选MS/MS Scan Pairing以保留特征与MS2的关联

2.5 同位素过滤（Isotope Filtering）

移除13C同位素干扰：
Feature List Methods → Isotopes → 13C Isotope Filter

保留单同位素峰，减少冗余信号

2.6 特征对齐（Feature Alignment）

使用Join Aligner整合多组数据：Feature List Methods → Alignment → Join Aligner

设置：

m/z Tolerance：0.01 Da

Retention Time Tolerance：0.2-0.5 min（根据色谱分离优化）

2.7 特征过滤（Feature Filtering）

保留具有MS2信息的特征

一定要勾选：Never remove feature with MS2

3、导出数据

生成FBMN输入文件：导出两种关键文件，.mgf文件：包含所有MS2谱图信息 和 .csv文件：特征表（含m/z、RT、峰面积等）