plotsr 是一个用于绘制结构变异（Structural Variation, SV）结果的命令行工具，通常与结构变异预测工具如SyRI（Structural Variant Caller）一起使用。以下是 plotsr 命令的基本用法和一些常见的参数：

1.基本用法

plotsr [options] <reg> <r> <q>

• <reg>：参考基因组的注册文件（.rib）。
• <r>：SyRI预测的结构变异结果文件（通常是.vcf或.bed格式）。
• <q>：质量评分文件，用于调整SV的显示。

2.常见参数

• -s 或 --scale：设置绘图的比例尺。
• -R 或 --inverse：反转颜色方案。
• -f 或 --font：设置字体大小。
• -H 或 --height：设置绘图的高度。
• -W 或 --width：设置绘图的宽度。
• -o 或 --output：指定输出文件的格式，如 pdf、png、svg 等。
• -d 或 --output-dir：指定输出目录。
• -b 或 --backend：设置绘图后端，如 agg、cairo、pdf、pgf、ps、svg、template 等。

今天对SyRi软件检查的结构变异结果进行可视化时报错（自己安装的syri=1.4版本，其安装方法参照之前的syri安装，在创建的syri环境中运行其syri软件自带的plotsr软件反复报错）

plotsr --sr SV.syri.out --genomes genome.txt -o pdf --q ./ref.fa
usage: Arguments for plotting SRs predicted by SyRI [-h] [-s S] [-R] [-f F]
                                                    [-H H] [-W W]
                                                    [-o {pdf,png,svg}] [-d D]
                                                    [-b {agg,cairo,pdf,pgf,ps,svg,template}]
                                                    reg r q
Arguments for plotting SRs predicted by SyRI: error: unrecognized arguments: --sr --genomes --q

3. plotsr软件的安装

plotsr 软件是可视化基因组结构重拍的工具。

其下载网址：plotsr

##解压
tar -xzvf plotsr1.1.1.tar.gz
cd plotsr1.1.1
然后输入命令测序一下：

##进入bin目录
plotsr

由于本人当时是在创建的syri环境python=3.5版本中，无论利用 conda install plotsr 或 下载后手动安装均无法成功，原因是在当前syri-python=3.5环境中未能与最新版本的plotsr相兼容。

当切换至base=python.3.10版本时，在利用conda 安装plotsr

## 进入base环境
##conda 安装
conda install -c bioconda plotsr -y

安装成功后，再次运行plotsr命令

## 绘图
plotsr --sr SV.syri.out --genomes genome.txt -o pdf

运行成功

参考来源：

syri软件的安装_syri安装-CSDN博客

运行软件plotsr时报错：“ImportError: Incomplete genomic information”-CSDN博客